1-2 GencAusdruckscSpezifikation, v1.1 Oktober 2003 1 In diesem Dokument beschreiben wir dieses normative Modell, Microarray und Genexperiment GegenstandcModell (Mage-om). Es beschreibt auch den General, der Richtlinien zu a abbildet Document type definition (DTD) das beste Sicherungen die Syntax und die Semantik von UML-Modell in einer Weise, die sein Verständnis und Gebrauch im Genausdruck erleichtert Gemeinschaft. Ein Bereich des DTD wird weiter umgewandelt, um leistungsfähiges zur Verfügung zu stellen und flexible Formate für die tatsächlichen Daten. Das DTD wird vom Modell mit erzeugt Hinzufügung der umgewandelten Darstellung der Genausdrucksdaten im DTD. Wegen des Primärwertes des DTD als des nützlichen Ausganges von diesem Spezifikation, gilt es normativ, anstatt als das fachkundige Erzeugen Algorithmus. Die massive Menge von Daten gegeben verband mit einem einzelnen Satz Experimenten, wir glauben dieses Extensible Markup Language (XML) ist die beste Weise, die Daten zu beschreiben. Der Gebrauch von einem Document type definition (DTD) erlaubt einen gut definierten Umbausatz, einen Wortschatz, zu beschreiben Sie das Gebiet der Genausdrucksexperimente. Er hat auch die Tugend von sehr gut sich zusammendrücken damit Akten in einer XML-Formatkompresse zu 10 Prozent von ihrem ursprüngliche Größe. XML wird jetzt weit wie ein Datenaustauschformat über Mehrfachverbindungsstelle angenommen Plattformen. Organisationen, die diese XML-Ströme verlangen, können vorhandenes frei verwenden Implementierungen entweder von des W3C empfahlen DOM oder den Xml-Entwickler SAX Satzgliederungsschnittstellen zum Verursachen von Import- und Exportanwendungen. Diese importieren und exportieren Anwendungen können für die spezifischen Notwendigkeiten der Organisation ohne die Notwendigkeit hergestellt werden den Wortschatz des XML mit Besonderen des Schemas irgendeiner Organisation belasten Anforderungen. Diese Spezifikation schließt das MAGE.xmi, lifesci/2002-01-03 mit ein, das aus rationalem produziert wird Rosenunternehmenausgabe, v2000.02.10 mit dem Werkzeug Unisys Rose UML, Version 1,3,2. Der Export verwendet die Wahl XMI 1,0. Das MAGE-ML.dtd wird als dtc/2002-09- umfaßt 04. Das Java, das Code- und Stützakten, einschließlich der Beispiele erzeugt, wird wie umfaßt dtc/2002-09-05. Die rationale Rosenmdlakte wird auch als Referenz als dtc/2002- umfaßt 09-06. Obgleich es gute, Standardweisen gibt, Fragen beide in dem Gegenstand ausgedrückt zu spezifizieren Modell (OQL) und das XML (XQuery, XPath), haben wir entschieden, den Bereich von zu begrenzen diese Spezifikation zum zugrundeliegenden Format der Daten für Austausch zwischen Organisationen. Ein Nachdruck im Design jedoch wurde auf dem Bilden des XML gelegt modular, damit die Resultate eines einzelnen Experimentes in unterschiedliches aufgespaltet werden konnten, leicht gehandhabte Akten und die dort waren passende Attribute und zu erleichternden die Verbindungen Fragen. Obgleich beschrieben nicht im Gegenstandmanagement-Architekturführer zu der Zeit diese Austeilung, glauben wir daß diese Darstellung mit dem UML-Modell, das DTD abzuleiten von ist angebracht und ist im Geist des neuen Hauptgewichtes auf UML für das Modellieren. 1,1,1 Darstellen von Verhältnissen in XML Es gibt eine Notwendigkeit im XML-Wortschatz, der die Genausdrucksdaten beschreibt, um zu verbinden zwei Elemente zusammen, zum Beispiel, ein Reporter zu seinem BioSequence oder zu einer Hybridation zu seiner beschrifteten Vorbereitung. Es gibt drei Standardmöglichkeiten, die im Allgemeinen in XML verwendet werden.