Oktober 2003 GencAusdruck: Preisaufschlagsprache MicroArray und GeneExpression (Mage-ml) 3-17 3 3,1,4,1 Das DTD für BioDataValues durch die Diagrammrichtlinien <! - - Wesen--> BioDataValues < %!ENTITY BioDataValues_classes "BioDataTuples|Bio DataCube "> < %!ENTITY BioDataValues_content "%Extendable_content;", > < %!ENTITY BioDataValues_attrs "%Extendable_attrs;", > < %!ENTITY BioAssayData_content "%Identifiable_content;, SummaryStatistic_list?, BioAssayDimension_ref?, DesignElementDimension_ref?, QuantitationTypeDimension_ref?, (%BioDataValues_classes-;)?"> <!Element BioDataTuples ((%Extendable_content;), BioAssayDatum_list?) > <!ATTLIST BioDataTuples %Extendable_attrs > <!ELEMENT BioAssayDatum_list (BioAssayDatum+) > <!ELEMENT BioAssayDatum (BioAssay_ref, DesignElement_ref, QuantitationType_ref) > < Wert!ATTLIST BioAssayDatum CDATA # ERFORDERT > <!ELEMENT BioDataCube ((%Extendable_content;), Daten) > <!ATTLIST BioDataCube %Extendable_attrs > <!ELEMENT-Daten (# PCDATA) > 3,1,4,2 Umwandelndes BioDataCube Es gibt einen Wunsch, den die Daten bewertet, selbst, kann als whitespace notiert werden abgegrenzt worden # PCDATA, wie oben oder in einer externen Akte in einem spezifizierten Format, wie whitespace abgegrenzt, Vorsprung abgegrenzt, NetCDF, usw.. Für dieses compliant sein Spezifikation, die Daten muß entweder BioAssayTuples oder InternalData sein und die gewählten Maße müssen im Auftrag von BioAssayDimension sein, DesignElementDimension und dann QuantitationTypeDimension. MIAME sein compliant gibt es keine Beschränkung bei der Einrichtung und die Daten können zum XML extern sein. 3,1,4,3 Umwandelndes BioDataTuples Von mit der Darstellung von BioDataTuples oben gibt es eine Redundanz Daten und die die Daten können unordered sein und sie schwierig bilden, leistungsfähig zu analysieren. Die ganze BioDataTuple_list würde gelesen werden müssen, um zu können die Daten organisieren. Zu erleichtern Sie die Anforderungen der Satzgliederung, der Inhalt von BioAssayDatum wird ' gedreht nach innen heraus.', Indem er ein BioAssayTuple, das BioAssay_ref ist nur im XML einmal hat und es wird versichert, daß alle Daten innerhalb des BioAssayTuple die Daten für die sind Biologische Drogenerprobung. Dieses ist auch dadurch nützlich, daß es die Daten von einer gefangennehmen kann MeasuredBioAssay (d.h., in den Resultaten einer Hybridation) eine einzelne XML-Akte und alle das MeasuredBioAssay für ein Experiment kann in den unterschiedlichen Akten dann sein. Dieses erleichtert Import der möglicherweise Tausenden der biologischer Drogenerprobungen, die mit a sein können einzelnes Experiment.