Oktober 2003 GencAusdruckscSpezifikation: Beweis des Konzeptes VII GeneX kommt mit völlig Funktions-WWWSCHNITTSTELLE zum DB, eine direkte Exportfunktion zu mitteln Sie Daten in GeneXML und einen Importeur Last GeneXML in das DB über. Wir nicht sehen Sie alle mögliche Hindernisse voraus, wenn Sie Format Mage-ml wie ein Dateneingabeformat für das GeneX annehmen Projekt. Das Projekt GeneX beabsichtigt, zum Gebrauch Mage-om als sein hohes Niveau zu schalten Daten modellieren und zum Gebrauch von Mage-ml, während seine Daten Format für den folgenden Major transportieren Freigabe (GeneX-1.2). Beweis Rosetta Inpharmatics des Konzeptes Rosetta Inpharmatics und Technologien Agilent haben das GEML TM ^verwendet Format 1,0 als Teil der internen Rohrleitungen für das letzte Jahr und eine Hälfte. Die gewonnene Erfahrung hat influ- enced die Entwicklung von Mage-om und von Mage-ml. Rosetta hat ununterbrochen XML-Akten auf dem Auftrag von dreizehn Megabytes in geladen das Lösungsmittel TM ^Rosetta System, ein Unternehmenausdrucks-Datenanalyseprodukt. Wir verwendeten interne Werkzeuge zum Exportieren der mehr als tausend Profile, Anmerkungen zugewiesen und stützende Muster, die die Daten für den Artikel festsetzten, Funktionsentdeckung über a Kompendium der Ausdrucksprofile, das erschien im Juli 7, 2000 Ausgabe Zelle. Gesamtgröße des Exports, als zusammengedrückt, war über einer Hälfte von Gigabyte Daten ein kleines. Das Daten wurden dann durch Harvard in ihr Lösungsmittelsystem Rosetta importiert. Zur Unterstützung der Publikation der experimentellen Anmerkung des menschlichen Genomverwendens Technologie Microarray, die erschien in der Natur, Vol. 409, die Resultate für Chromosom 22 wurden im Format GEML 1,0 und für den Rest im Format GEML 2,0 an http://down- veröffentlicht load.rii.com/tech/pubs/nature. Rosetta hat den Leiter TM der Freeware GEML 1,0 ^entwickelt Werkzeuge für Sichtbarmachung von GEML 1,0 formatierte Daten und für Umwandlung von Genausdrucksdaten in anderen Formaten in GEML. Mit der Freisetzung von Lösungsmittel 2,0 Rosetta, Unterstützung für GEML 2,0 (basiert auf der Initiale Antwort Rosetta Inpharmatics zum Genausdruck RFP) wurde für eingeführt Umwandlung der Intensität-gegründeten microarray Hybridationen. Wir haben nicht, ab noch, eingeführt dem Datenmodell, das in diesem Antrag enthalten wird, aber wir sehen keine technischen Probleme beim Abweichen vom GEML-Format zu MAGE. MGED Öffnen QuellcBemühungen , um die Annahme des MAGE-Formats zu erleichtern, fährt MGED eine Bemühung zu entwickeln Sie geöffnete Quellwerkzeuge, die es im wesentlichen einfacher bilden, damit Organisationen annehmen MAGE. Es hat zwei erhalten togethers eingeweiht sich entwickelndem Code, der erste im Felsen gegeben auf im September und das folgende im Dezember am EBI-Aufstellungsort in Cambridge, Großbritannien. An Toronto erhalten zusammen die Grundarbeit wurde gelegt für das Verwenden des UML-Modells, um viel zu erzeugen vom Stützcode von der Darstellung XMI dieses Modells. Der Ausgangscode zum gener- aß die Datengegenstände vom Modell in Java, Perl und C++ wurde und, kurz durchgeführt nach der Sitzung wurde Code durchgeführt, um das DTD vom Modell zu erzeugen. Die entscheidenden Ziele dieser Bemühung sind, die Datengegenstände vom UML-Modell zu erzeugen zusammen mit Code, der von XML analysieren kann, gründete auf dem MAGE-Format nach und von