Juni 2001 Biomolekulare ReihenfolgencAnalyse: Modul DsLSRBioObjects 2-77 2 Schnittstellen haben einen vorgeschlagenen Standard, da er Klienten erlaubt, die nicht nachforschen möchten Ausrichtungen nützliche Informationen für oder zu anderen an überschreiten einem Benutzer direkt erhalten, Text Format gründete Anwendung. Ein CharacterAlignmentEncoder ' s-Rolle ist, den Zeichenkettetext innen zu produzieren, der dem ähnlich ist Tabelle 2-4 auf PA ge2-43, wenn die Spalten des Textes die Korrespondenzen und die Reihe anzeigen Anzeige jeder Reihenfolge. Das genaue Format wird spezifiziert nicht oder standardisiert. Die Fabrik dieses regeln Marken der Kodierer die exakte Natur der kodierung, wie, was Auflage Buchstabe wird benutzt. Das CharacterAlignmentEncoder konnte mehr als ein haben Buchstabe pro Spalte, das Getriebe des Dreibuchstabeaminosäurecodes oder -mehr erlaubend als eine Unterseite DNA-Reihenfolge in einer einzelnen Spalte. Dem Klienten erlauben, zu formatieren resultierende Daten, max_column_width() bringt die maximale Länge der Buchstaben in a zurück Spalte. Reihen und Spalten werden Beginnen mit 1 numeriert. Die Ausrichtung und das CharacterAlignmentEncoder Schnittstellen funktionieren gut für beide Ansicht-gegründete Klienten und programmatische Klienten. Die Schnittstellen versehen Betrachtungsklienten mit ein Weg der einfachen, niedrigen Kosten der Erfassung der Ausrichtungsdaten und des Anzeigens sie zum Benutzer. beigeordnetes System der Zeichenkette kodierte Ausrichtungsdiagramme zur zugrundeliegenden Ausrichtung, Erlauben dem Klienten, spezifische Regionen der Ausrichtung des Interesses zurückzuholen. Seit Abstand valuetype kann benutzt werden, um nur Teile von zurückzuholen BioSequences , diese sehr komplizierte Gegenstände können auf dem Bediener bleiben, wenn die Klienten nur Teile anzeigen vom Interesse zum Benutzer. Für die programmatischen Klienten, die die Ausrichtung als verwenden wünschen Grundlage der weiteren Analyse, die Ausrichtung Schnittstelle liefert ein Einteilungssystem des Bewegens von einer Reihenfolge zu einer anderen Reihenfolge über die Ausrichtung. CharacterAlignmentEncoder ist ein wahlweise freigestellter Befolgungpunkt dieser Spezifikation. Tabelle 2-26 CharacterAlignmentEncoder Schnittstelle Schnittstelle CharacterAlignmentEncoder { schreibgeschütztes Attributausrichtungsthe_alignment; nicht unterzeichnetes langes num_rows(); // Zahl von übereingestimmt CharacterAlignmentEncoder the_alignment: Ausrichtung num_rows() num_columns() get_name() get_all_names() get_cell_contents() is_cell_a_gap() get_cell_width() max_column_width() max_width() < < Schnittstelle > > Ausrichtung < < Schnittstelle > > 1 0.. *