Juni 2001 Biomolekulare ReihenfolgencAnalyse: Modul DsLSRBioObjects 2-53 2 Die Ausrichtung würde zwei AlignmentElements haben ein mit dem EST und eins mit das Protein. Fragen der Ausrichtung mit dem get_seq_region() Methode würde aufdecken die Reihenfolgenregionen verzeichneten oben für jede der Reihenfolgen. Wichtiger, get_align_type_by_column() Methode für Spalte 22 würde eine Art zurückbringen SEQUENCE_ERROR , während für die anderen Spalten es eine Art zurückbringen würde PROTEIN . Auf diese Weise ein Programm kann die Ausrichtung sicher deuten. Anzeigen wie wichtig sind diese Informationen, stellen vor sich, wenn in Spalte 22 drei Unterseiten ausgerichtet waren. Es von seien Sie vieldeutig, ob dieses eine Proteineinfügung ein codon oder a anzeigte Folgefehler. Das AlignType stellt hier diese zusätzlichen Informationen zur Verfügung. Die Fähigkeit, ein CharacterAlignmentEncoder zu verbinden mit einem komplizierterem Ausrichtung wie dieses Beispiel zur Verfügung stellt eine Weise für Klienten, beide zurückzuholen ist Ausrichtung und eine gewünschte Deutung der Ausrichtung vom Bediener der erleichtert zu schreiben Ausrichtungsklienten separat von den tatsächlichen Ausrichtungserbauern. AlignmentEncoders stellen Sie einen Weg für mindestens eine Buchstabe-gegründete Darstellung von zur Verfügung Ausrichtung durch den Bediener zur Verfügung gestellt werden, gleichwohl Komplex die Ausrichtungsmethode ist. In dieser Fall, man konnte ein AlignmentEncoder haben das die Aminosäuren lieferte vom Protein als drei Buchstaben richteten Codes mit drei Unterseiten vom EST aus. Ein unterschiedliches Kodierer konnte die Codes mit einen Buchstabeaminosäuren gänzlich verwenden, und die DNA nicht zeigen Reihenfolge an allen, beschließend, den Folgefehler mit einem Sonderzeichen zu kodieren. 2,1,18 Versammlung Versammlung verlängert Ausrichtung . Versammlung enthält keine zusätzliche Funktionalität. technisches Gebiet entwickelt schnell und es ist nicht klar, was zusätzliche Funktionalität wird seien Sie notwendig. Jedoch glauben die Submitters, daß es wichtig ist, das Verhältnis aufzubauen zwischen Versammlung und Ausrichtung . Tabelle 2-6 Protein gegen EST-Ausrichtung Spalte 20 21 22 23 Est 111-113 (codon) 114-116 (codon) 117 118-120 (codon) Protein 55 56 57 AlignType PROTEIN PROTEIN REIHENFOLGEN_ STÖRUNG PROTEIN