2-52 Biomolekulare ReihenfolgencAnalyse, v1.0 Juni 2001 2 Elementattribut und das SeqRegion würde den Anfang haben Attribut von 6 und eine Länge Attribut von 19. Benennen des get_seq_region () Methode mit diesem AlignmentElement und ein Abstand vom Anfang Länge 1, 1 würde ein SeqRegion liefern mit Anfang 6, Länge 1, seiend der 6. Überrest in CAJ1_YEAST, ein Glutamat ' E '. Tabelle 2-5 zeigt Resultate dieses benennen zum get_seq_region () und einige andere ähnliche Anrufe, jeder mit unterschiedliche Eingangs- Abstände . Alle Anrufe sind für die Reihenfolge CAJ1_YEAST. Das get_align_type_by_column() Methode würde UNBEKANNTES irgendein zurückbringen oder PROTEIN abhängig von dem Implementer. Möglicherweise wenn die Ausrichtung gebildet worden war mit einer beteiligteren Methode z.B. ein verstecktes Modell Markov mit einem Begriff von struktureller Zustand, der strukturelle Zustand, der in jeder Spalte benutzt wurde, könnte zurückgebracht werden. Selbstverständlich für Klienten deren Hauptzweck Anzeige ist, das mühsame Geschäft des Fragens jede Position für die Region und in den Reihenfolgengegenstand nach dem Überrest auf dann schauen daß Position a ist, convoluted Weg für das Zurückholen der Informationen. Wenn der Implementer stellte a zur Verfügung CharacterAlignmentEncoder für diese Ausrichtung dann ein Text Darstellung der Ausrichtung konnte schnell zurückgeholt werden und angezeigt werden, möglicherweise die großräumigen Transportmethoden verwenden innen bereitgestellt worden SingleCharacterAlignmentEncoder da diese Ausrichtung einen einzelnen Buchstaben pro hat Korrespondenz. Sobald angezeigt, könnte ein Klient eine Frage auf einer Einzelheit schnell deuten Buchstabe in der Ausrichtung, da sie einfach get_seq_region() würde benennen müssen mit Spaltenposition zum Zurückholen die Position in der Reihenfolge. Protein gegen EST-Ausrichtung Dieses Beispiel ist von einer Taufliege, die das Protein, das mit einer EST-Reihenfolge mit verglichen wird, sichverschieben auftretende Störung, die als eine würde in GCG's FrameSearch, in FASTX und in Wise2 finden. A Fragment der Ausrichtungen wird in Tabelle 2 gezeigt -6. Tabelle 2-5 AnrufcResultate Eingangs- Abstand Ausgang SeqRegion Zeichenkette Anfang Länge Anfang Länge 1 1 6 1 ein Glutamat ' E ' 2 1 7 1 ein Tyrosin ' Y ' 2 3 7 3 das Peptid "YYD" 11 1 Null ein Abstand ' - ' 12 1 Null ein Abstand ' - ' 12 10 16 4 das Peptid "EATP"