Juni 2001 Biomolekulare ReihenfolgencAnalyse: Modul DsLSRBioObjects 2-51 2 AlignmentList 2,1,17 AusrichtungscBeispiele Die exakte Deutung dieser Spezifikation für Ausrichtungen wird mit einer Zahl veranschaulicht von den Beispielen. Erstens wird eine mehrfache Ausrichtung des Standardproteins und zweitens a zur Verfügung gestellt schwieriger, wird Protein zur Ausrichtung des EST-Reihenfolgen-Umbaus dargestellt. ProteincMehrfachverbindungsstellencAusrichtung Diese Ausrichtung ist ein Fragment einer Ausrichtung von der Datenbank Pfam. Ein Text Darstellung dieser Ausrichtung wird unten gegeben. Der Ausrichtungsgegenstand, der dieses darstellte, würde vier AlignmentElement zurückbringen Gegenstände von get_alignment_elements () Methode. Der erste Gegenstand würde haben AminoAcidSequence Wenden Sie ein, daß die Reihenfolge CAJ1_YEAST in dargestellt Nicht unterzeichnete lange Spalte des get_align_type_by_column(in AlignType) raises(IndexOutOfBounds); Beschreibung: get_align_type_by_column () stellt eine Einheit zu zur Verfügung holen Sie die Annahmen zurück, die für diese Korrespondenz von verwendet werden Ausrichtung . Es gibt nicht zusätzliche Maschinerie in Ausrichtung selbst zum Helfen, diese zu deuten AlignTypes . Für spezifische Fälle einer Ausrichtung Erbauer, ein Klient das verwendet den Erbauer sollte lesen die Unterlagen hinsichtlich wie deuten AlignType als es seien Sie ein Teil der Definition von was die Ausrichtung Erbauer stellt wirklich zur Verfügung. Für Klienten das möchten nicht die Ausrichtung deuten aber möchte a vernünftige Darstellung von ihr zum Überschreiten auf andere Programme oder sichtlich zu einem Benutzer, das AlignmentEncoders CharacterAlignmentEncoder und SingleCharacterAlignmentEncoder liefert ein gesamtes Bediener-Seitenlösung für den Klienten. Rückholwert: Bringt zurück AlignType . Ausnahmen: Erhöhungen IndexOutOfBounds wenn Spalte ist kleiner als 1 oder grösseres als die Gesamtzahl den Korrespondenzen vorbei gegeben num_columns () . typedefsequence<Alignment > -AlignmentList; Beschreibung: Verwendete, einen Satz von zu führen Ausrichtungen . Caj1_yeast/6-24 Eyydilgikp-------eatpteikk Yis4_yeast/6-24 Eyydllgvst-------tassieikk Ynw7_yeast/4-22 Cyyellgvet-------hasdlelkk Ygm8_yeast/79-104 NLYDVLELPTPLDVHTIYDDLPQIKR