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Juni 2001 Biomolekulare ReihenfolgencAnalyse: Modul DsLSRBioObjects 2-47 2 PROTEIN constAlignType = "PROTEIN"; const AlignType NON_PROTEIN = "NON_PROTEIN"; const AlignType SEQUENCE_ERROR = "SEQUENCE_ERROR"; UNBEKANNTES constAlignType = "UNBEKANNTES"; Beschreibung: Allgemeine Ausrichtungsannahmen werden als einfache Zeichenketten, mit versehen Konstantenarten als Ausgangspunkt für eine Liste von Annahmen. UNBEKANNT zeigt an, daß keine zusätzlichen Informationen zur Verfügung gestellt werden mit der Ausrichtung wie das Argument für seien Sie (z.B., Smith-Waterman Ausrichtungen). PROTEIN zeigt an, daß diese Spalte kodiert (Teil von) einem Protein. Dieses kann irgendein sein, weil es eins oder mehr enthält Aminosäureüberreste oder wichtiger, weil die Spalte besteht aus triplet(s) der DNA-Unterseiten, die Aminoacid(s) kodieren. Sehr allgemeine Regiongröße ist 1 für Aminosäuren und 3 für Nukleotid Dreiergruppen. Jedoch kompliziertere Regionen (z.B., ein Transmembrane Proteinreihenfolgensegment) sind völlig möglich. SEQUENCE_ERROR zeigt an, daß die Spalte Unterseiten das enthält werden betrachtet, um fehlerhaft zu sein. Z.B. wenn man ein Protein zu einer DNA-Reihenfolge ausrichtet, ist es möglich die Einfügungen wegen der Entwicklungsprozesse (PROTEIN ) unterscheiden von den Einfügungen wegen des Folgefehlers (SEQUENCE_ERROR Beteiligtere Ausrichtungsmethoden, z.B. verstecktes Markov Modelle, konnten das AlignType verwenden Zeichenkette zum Bereitstellen ein vernünftiges Decodierung der Ausrichtung und in diesen Fällen, AlignType können Sie seien Sie informativer als das SeqRegion zur Verfügung gestellt durch Ausrichtung . |  |
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