II Biomolekulare ReihenfolgencAnalyse, v1.0 Juni 2001 Inhalt 2,1,11 Formationsglieder von BioSequence. . . . . . . . . . . . . . . . 2-29 2,1,12 CodeRule. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-34 2,1,13 GeneticCode. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-37 2,1,14 AlignmentElement. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-38 2,1,15 AlignmentElementIterator. . . . . . . . . . . . . . . . 2-41 2,1,16 Ausrichtung. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-42 2,1,17 AusrichtungscBeispiele. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-51 2,1,18 Versammlung. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-53 2,1,19 SearchHit. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-54 2,1,20 SimilaritySearchHit. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-57 2,1,21 BioSequenceIdentifierResolver. . . . . . . . . . . . 2-59 2,1,22 SearchResult. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-60 2,1,23 AnnotationFactory (Wahlweise freigestellt). . . . . . . . . . . . . . 2-64 2,1,24 Fabriken BioSequence (wahlweise freigestellt). . . . . . . . . . . 2-66 2,1,25 Iterators BioSequence (wahlweise freigestellt). . . . . . . . . . . 2-69 2,1,26 GeneticCodeFactory (Wahlweise freigestellt). . . . . . . . . . . . 2-74 2,1,27 CharacterAlignmentEncoder (Wahlweise freigestellt). . . . . . 2-76 2,1,28 SingleCharacterAlignmentEncoder (Wahlweise freigestellt). 2-81 2,1,29 Fabriken AlignmentEncoder (wahlweise freigestellt). . . . . . 2-83 2,2 Modul DsLSRAnalysis.. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-85 2,2,1 Allgemein. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-86 2,2,2 AnalysisType. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-87 2,2,3 InputPropertySpec. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-89 2,2,4 OutputPropertySpec. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-91 2,2,5 AnalysisState. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-92 2,2,6 AnalysisEvent.. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-93 2,2,7 Formationsglieder von AnalysisEvent. . . . . . . . . . . . . . . 2-94 2,2,8 AnalysisService. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-97 2,2,9 JobControl. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-100 2,2,10 AnalysisInstance.. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-104 2,2,11 Relaisdiagramme. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-108 3. GebietscModell. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-1 3,1 XML Metadata. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-1 3,1,1 Rolle von XML. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-1 3,1,2 Rolle von DTD. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-2 3,1,3 Gebiet Metadata. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-3 3,2 Klassifikation von Analysen. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-6 3,2,1 Suchen. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-6 3,2,2 Ausrichtung. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-6 3,2,3 Dienstprogramme. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-6