Juni 2001 Biomolekulare ReihenfolgencAnalyse: Modul DsLSRBioObjects 2-43 2 Ausrichtungsdarstellung in der Reihenfolgenanalyse ist durch den gegründeten Text beherrscht worden Darstellung der Korrespondenzen als Spalten, wenn die Reihenfolgen horizontal laufen und jede Korrespondenz, die durch eine Spalte dargestellt wird. Auffüllzeichen (häufig ' - ') werden in Reihenfolgen gelegt, um die Überreste mit den korrekten Korrespondenzen in anderer auszurichten Reihenfolgen. Dieses liefert eine kompakte Darstellung der Ausrichtung, aber beruht schwer auf einzelnem Buchstaben, die die Grundlage der Korrespondenz sind, die das Darstellen mehr bildet Komplex aber noch allgemeine Arten der Ausrichtung schwierig. Beispiele umfassen Ausrichtungen von den DNA- und Proteinreihenfolgen und von den Ausrichtungen der Profil versteckten Modelle Markov und Proteinreihenfolgen. Zusätzlich kann Text gegründete Darstellung kein zusätzliches übermitteln Informationen über die Natur der Korrespondenz, die eine Ausgabe für komplizierteres ist Ausrichtungen. Eine abschließende Beeinträchtigung zu dieser Methode des Darstellens einer Ausrichtung ist, daß sie ist im Allgemeinen stark, nur Teil der Ausrichtung, als der gesamte Text muß zu überprüfen verarbeitet werden bevor die Korrespondenzen zwischen Positionen im Computer ausdrücklich dargestellt werden können Bezeichnungen. Eine IDL-Definition einer Ausrichtung kann eine viel reichere Beschreibung von zur Verfügung stellen Ausrichtung, aber es müssen im Verstand gehalten werden, daß der allgemeinste Gebrauch von einer Ausrichtung ist ihn, vermutlich in einer Form sehr nah an Tabelle 2 ansehen -4, Erzeugen eines ähnlichen Textes Darstellung muß einfacher Betrieb für einen Klienten von sein Ausrichtung Schnittstelle. Für komplizierte Ausrichtungen ist es bequem, mit jeder Korrespondenz zu verbinden Annahme, auf der die Korrespondenz gebildet wird. Z.B. wenn ein Protein ausgerichtet ist Reihenfolge zu einer DNA-Reihenfolge, ist es wichtig, in der Lage zuSEIN, Einfügungen in zu unterscheiden DNA-Reihenfolge, die an Folgefehlern in der Ermittlung der DNA liegen Reihenfolge und Einfügungen wegen der Entwicklungseinfügung der Unterseiten in der DNA-Reihenfolge. Dieses deutet an, daß jede Korrespondenz eine Anzeige über die Annahmen benötigt, die für gebildet werden die Gruppierung von Regionen auf Reihenfolgen. Solche Annahmen werden im Allgemeinen während gebildet Ausrichtungsprozeß. Als solcher, sind sie nicht ein Grundbesitz von einer bestimmten Reihenfolge innen die Ausrichtung, aber sie gehören eher der Ausrichtung als Ganzes. Folglich ist es besser das assumption(s) mit den Korrespondenzen, anstatt mit den Reihenfolgen verbinden. Obgleich viele der Ausrichtungen miteinbeziehen BioSequences gibt es eine Zahl, die beziehen Sie auch andere Gegenstände, wie regelmäßige Ausdrücke und versteckte Modelle Markov mit ein. Diese Gegenstände sind nicht Teil dieser Spezifikation, und, in jedem möglichem Fall, ist es daß irgendwelche unwahrscheinlich Tabelle 2-4 Mehrfache Ausrichtung von AminoAcidSequences seq1 10 RSDGFAFVEF 19 seq2 15 Funktelegraphie-gfayvem 23 seq3 20 RTHGFAFVEM 29 Korrespondenz 1: (Seq1, Position 10, Seq2, Position 15, Seq3 Position 20) Korrespondenz 2: (Seq1, Position 11, Seq2, Position 16, Seq3 Position 21) Korrespondenz 3: (Seq1, Position 12, Seq2, keine, Seq3 Position 22) ... Korrespondenz 10: (Seq1, Position 19, Seq2, Position 23, Seq3 Position 29)