2-38 Biomolekulare ReihenfolgencAnalyse, v1.0 Juni 2001 2 2,1,14 AlignmentElement AlignmentElement entspricht einer ' Reihe ' in einer traditionellen Ausrichtung. Jedoch , um es General zu bilden, wird sie durch eine Verpackung dargestellt, die irgendwelche erlaubt Gegenstand in verwendet werden Ausrichtung . Diese Annäherung erlaubt das Auftreten von einem und dasselbe Gegenstand in unterschiedlicher ' Reihen (Verwendens Schlüssel und vermeidet auch das kombinatorische Problem des Habens jede Art BioSequence kopiert gerade so ihm kann in verwendet werden Ausrichtung . Dieses Annäherung erlaubt andere Gegenstände, nicht schon definiert in diesem Standard (z.B., verstecktes Markov Modelle, in der Ausrichtung verwendet werden). Am allgemeinsten jedoch AlignmentElement enthält ein Element von der Art BioSequence . Schlüssel stellt einen einzigartigen Hinweis auf jedem zur Verfügung AlignmentElement beibehalten werden zwischen dem Klienten und dem Bediener der Ausrichtung . Beachten Sie, daß es mehr als geben kann eine Kopie einer Einzelheit Gegenstand in der Ausrichtung . Es gibt keine verurteilte Semantik zu wie der Schlüssel wird strukturiert. Das folgende liefert Beispiele von Schlüsseln das konnte verwendet werden wenn die Gegenstände sind BioSequences . schreibgeschützter Name AttributGeneticCodeName; Beschreibung: Der Name Attribut sollte eins von sein bekannt GeneticCodeNames innen verzeichnet GeneticCodeFactory . Wenn der gewünschte genetische Code wird nicht, ein passendes dargestellt Name sollte verwendet werden. Rückholwert: Bringt a zurück GeneticCodeName . The_codon Überresttranslate_codon(inCodon) raises(InvalidResidue); Beschreibung: Gebrauch des translate_codon () Kodierung Reihe sixty-four CodeRules eine Zeichenkette der Nukleinsäureunterseiten in a übersetzen Zeichenkette der Aminosäureüberreste. Rückholwert: Bringt a zurück Überrest . Ausnahmen: Erhöhungen InvalidResidue wenn codon ist mit inkonsequent Gemeinsame Kommission Iupac-iubmb auf biochemischem Einzelne Buchstabecodes der Bezeichnung (JCBN). Merken Sie, daß Überrest ist gedeutet, um Unterseite hier zu bedeuten (sehen Sie Glossar).