2-22 Biomolekulare ReihenfolgencAnalyse, v1.0 Juni 2001 2 2,1,10 BioSequence Ein BioSequence ist eine Abstraktion einer biologischen Reihenfolge, wie bestellt Nukleotide eine Kette der DNA oder die bestellten Aminosäureüberreste eines Proteinmoleküls. A BioSequence kann jedem möglichem Länge und Bedeutung; es gibt keine Implikation, die es z.B. entspricht ein Gen. Das BioSequence Schnittstelle liefert wesentliches Eigenschaften der biologischen Reihenfolgen (Name Kennzeichnung Beschreibung Länge und Betriebe für das Erreichen der Ordnungsfolge selbst oder eine Vor-Reihenfolge als ASCII-Zeichenkette von Iupac- Gemeinsame Kommission IUBMB auf der biochemischen Bezeichnung (JCBN) Versalien single Buchstabecodes (seq() seq_interval() Zusätzliche Betriebe innerhalb BioSequence stellen Sie Zugang zu allen möglichen Anmerkungen zur Verfügung dazugehörig mit dem BioSequence (get_annotations()) oder die Zahl Anmerkungen (num_annotations()) . Anmerkungen kann zu angebracht werden BioSequences direkt verwenden add_annotation() Methode von BioSequence oder durch das Verwenden BioSequence Fabriken. So BioSequences seien Sie auf dem Niveau ihrer dazugehörigen Anmerkungen mutable. Dieses minimales mutabilitymodell ermöglicht neue Anmerkungen, zu einem BioSequence angebracht zu werden und Situationen in denen mehrfaches BioSequences verhindert konnte von einem Bediener mit bestehen unterschiedliche Sätze Anmerkungen aber Darstellen der gleichen Reihenfolge. Ein NotUpdateable Ausnahme kann verwendet werden, um anzuzeigen daß eine Anmerkung kann nicht diesem hinzugefügt werden BioSequence . Standardbehälterverhalten trifft hier zu. Wenn ein Klient ein BioSequence zerstört ist es auch bis zum Klienten zum Handhaben des Inhalts, nämlich die Anmerkungen. Tabelle 2-9 Die Schnittstelle BioSequence Grundlage BASIS_NOT_KNOWN BASIS_EXPERIMENTAL BASIS_COMPUTATIONAL BASIS_BOTH < < enum > > AnnotationIterator < < Schnittstelle > > BioSequence Name: Zeichenkette Kennzeichnung: Bezeichner Beschreibung: Zeichenkette folgend: Zeichenkette Länge: nicht unterzeichnetes langes the_basis: Grundlage seq_interval() get_annotations() num_annotations() add_annotation() < < Schnittstelle > > Anmerkung Name: Zeichenkette Wert: irgendwelche the_basis: Grundlage nähere Bestimmungen: CosPropertyService::Properties < < Schnittstelle > > 1 1 1 0.. * 1