2-2 Biomolekulare ReihenfolgencAnalyse, v1.0 Juni 2001 2 Vorhandene Standards, die mit dem gegenwärtigen Antrag und gewissermaßen dargestellt werden können haben es sind geformt: die NCBI-datamodels; die DDBJ-/EMBL/GenBankeigenschaftstabelle Dokument; verschiedene Reihenfolgenaktenformate (Fasta, EMBL/GenBank, GCG) und verschieden Reihenfolgenanalysenwerkzeuge (KNALL, FastA, Smith-Waterman, ClustalW, Wise2, Grail, GCG-Suite). Der Ausrichtungsteil der Antwort wird darauf abgezielt, um alle Arten von effektiv zu modellieren BioSequence und BioSequence in Verbindung stehende Ausrichtprobleme in biomolekularem Reihenfolgenanalyse. Dieses reicht von den verhältnismäßig einfachen Fällen von einer paarweise Ausrichtung von zwei DNA-Reihenfolgen mit dem komplizierten Fall von einem Profil-HMM verglich mit genomic DNA. 2,1,1 Allgemein // Akte: DsLSRBioObjects.idl # ifndef _ DS_LSR_BIOOBJECTS_IDL _ # definieren Sie _ DS_LSR_BIOOBJECTS_IDL _ # Pragmapräfix "omg.org" # schließen Sie < CosLifeCycle.idl > mit ein # schließen Sie < CosPropertyService.idl > mit ein Modul DsLSRBioObjects { //... }; # endif//_ DS_LSR_BIOOBJECTS_IDL _ # Pragmapräfix "omg.org" Namensraumverunreinigung und das Namensclashing der IDL-Arten verhindern, dieses Modul (und alle die Module, die in dieser Spezifikation definiert werden), verwendet das Pragmapräfix, das die DNS des OMGs ist Name. # schließen Sie < CosLifeCycle.idl > mit ein NucleotideSequence , AminoAcidSequence , Anmerkung , GeneticCode , Ausrichtung und SearchResult alle übernehmen von LifeCycleObject . # schließen Sie < CosPropertyService.idl > mit ein Eigenschaften werden in der Anmerkung benutzt SearchHit und SearchResult .