3-6 Biomolekulare ReihenfolgencAnalyse, v1.0 Juni 2001 3 3,2 Klassifikation von Analysen Diese Klassifikation von Analysen besteht aus drei ausgedehnten Kategorien: Suchen, Ausrichtung, und Dienstprogramme. Allgemein verwendete Analysen werden freundlich in diese Kategorien verteilt. 3,2,1 Suchen Das Suchen umfaßt die ausgedehnte Kategorie der Ähnlichkeit Analysen suchend. KNALL, FastA, und Fall Smith-Waterman in diese Gruppe. Das Suchen kann das Fragen umfassen BioSequences kennzeichnen Anmerkungen dieses Treffen spezifizierte Kriterien. Auch suchen umfaßt das Finden der Muster und der Motive in BioSequences . Die Resultate dieser Suchen sind SeqRegions . Beispiele umfassen Analysen wie PROSITE, BLÖCKE, DRUCKE, wie Brunnen als das meiste Gen und das ORF, die Algorithmen finden (z.B., GRAIL, GeneScan, GeneFind und SCHIMMER). Er umfaßt auch das Kennzeichnen des möglichen Beschränkungsenzyms und proteolytisch Spaltungaufstellungsorte. Das Resultat einer Suche ist ein SearchResult . Ein SearchResult enthält eine Reihe von SearchHits , das sein kann spezialisiert SimilaritySearchHits . Die suchende Hierarchie ist: ?- Suche (gegen eine Liste, eine Ansammlung oder eine Datenbank) ? search/annotation ? search/region ? search/similarity (gegen eine Liste, eine Ansammlung oder eine Datenbank) 3,2,2 Ausrichtung Die Ausrichtungskategorie umfaßt beide paarweise und mehrfache Ausrichtungen. Keine Unterscheidung ist gebildet. Das Resultat irgendeines ist eine Ausrichtung . Eine Reihenfolge enthält ausgerichtete Reihenfolgen und nichtausgerichtete Reihenfolgen (Fragmente). Die ausgerichteten Reihenfolgen werden durch eine Ausrichtung dargestellt . Wenn man a betrachtet Phylogeny als Ausrichtung von Ausrichtungen, fällt es auch in diese Kategorie. Die Ausrichtungshierarchie ist: ?- Ausrichtung (einer Liste oder der Ansammlung) ? alignment/assembly (einer Liste oder der Ansammlung) ? alignment/phylogeny 3,2,3 Dienstprogramme Es gibt einige einfache Analysen, die entweder angesehen werden konnten als Analysen oder einfach vorausgesetzt als Methoden auf einem passend geschriebenen BioSequence . Wir entschieden, sie anzusehen als einfache Analyse. Dieses erlaubte uns, das BioSequence zu halten Schnittstelle einfach. Für Beispiel, einfache Reihenfolgenübersetzung mit dem genetischen Standardcode, wird vorbei zur Verfügung gestellt S-Methoden NucleotideSequence ' translate_seq() und translate_seq_region() . A